Az együttest Fischer Ádám alapította 1987-ben azzal a céllal, hogy a legkiválóbb osztrák és magyar zenészetek összehozza, és velük ott adják elő Haydn műveit, ahol a zeneszerző élt és alkotott. Tagjai Magyarország és Ausztria legjobb zenészei, közülük többen a Bécsi Filharmonikusoknál, a Bécsi Szimfonikusoknál és a Nemzeti Filharmonikus Zenekarban zenélnek. Megalakulásuk óta számos teljes Haydn-szimfóniát rögzítettek együtt.
A Haydn Zenekar otthona az eisenstadti Esterházy-kastély Haydn-terme. Mint helytartó együttes, fontos szerepet játszanak az évente megrendezett Haydn Fesztiválon.
A zenekar sok híres fesztivál vendége volt. Jártak többek között a BBC Proms Fesztiválon Londonban, a „Mostly Mozart” Fesztiválon New Yorkban, és a Mozart Héten Salzburgban. 1993-ban a zenekar ázsiai turnét tett. Vendégszerepeltek a franciaországi l'Pau in Le Mans Fesztiválon, de gyakran lépnek fel Budapesten és Bécsben is. Olyan híres karmesterekkel dolgoznak együtt, mint Manfred Honeck, Helmut Rilling, Bruno Weil, Richard Hicox és Trevor Pinock.
A 2009-es évben a zenekar Haydn A teremtés című művének bemutatásával ünnepli Joseph Haydn halálának 200. évfordulóját az Esterházy-kastélyban. A Haydn évben az együttes meghívták a Bécsi Konzerthausba, a budapesti Művészetek Palotájába, a Luxemburgi Filharmóniába, az Auditorio Nacional Madridba, Brüsszelbe, Grazba, Innsbruckba és Brünnbe. Emellett turnéznak Svájcban, Németországban és Japánban is.
Operafesztiváli fellépéseik:
2009. 06. 10.